Sony et les fabricants de Pierre Lapin ont présenté des excuses publiques après que le film ait subi un contrecoup pour avoir présenté une scène mettant en lumière les allergies alimentaires d'un personnage. Dans le film, l'ennemi juré de Peter, M. McGregor (joué par Domhnall Gleeson), est allergique aux mûres. Sachant cela, Peter et les autres lapins lui lancent des mûres et forcent le malheureux à utiliser son EpiPen pour éviter une terrible réaction allergique.
Comme le reste du film, toute la séquence a été jouée comme idiote et espiègle plutôt que sinistre, mais certains ont estimé que ces pitreries franchissaient la ligne en se moquer de quelqu'un pour avoir des allergies. La page Facebook officielle Kids with Food Allergies a publié un avertissement concernant la scène, ce qui a même poussé certaines personnes à suggérer le boycott. Pierre Lapin afin de lutter contre ce prétendu harcèlement alimentaire. Kenneth Mendez, président-directeur général de la Asthma and Allergy Foundation of America, a également
Sony a rapidement publié une déclaration officielle au cours du week-end pour s'excuser auprès de quiconque aurait pu être offensé par la scène.
"Les allergies alimentaires sont un problème grave", indique le communiqué. «Notre film n'aurait pas dû faire la lumière sur l'ennemi juré de Peter Rabbit, M. McGregor, étant allergique aux mûres, même de manière caricaturale et burlesque. Nous regrettons sincèrement de ne pas être plus conscients et sensibles à ce problème, et nous nous excusons sincèrement. »
Mais alors que beaucoup ont été offensés, d'autres ont estimé que Sony n'aurait pas dû s'excuser du tout, disant que c'était juste une scène idiote d'un film pour enfants et qu'elle n'était pas destinée à se moquer des personnes allergiques. Quoi qu'il en soit, le contrecoup ne semble pas avoir d'effet majeur sur Pierre Lapinla performance au box-office, alors que le film a dépassé les attentes et a gagné 25 millions de dollars lors de son premier week-end.